注意手术治疗的同时还应进行药物治疗，术前应进行两周以上的抗结核治疗，术后仍应持续用药一年半到两年。治疗后的五年中，也应反复化验尿液、做结核菌的培养检查，一旦培养又发生阳性反应，便要立即恢复治疗。手术方法有以下几种：
（1）肾切除术：虽然患病的肾脏破坏严重，但对侧肾脏仍正常，就可考虑完全切除病肾。如果双侧肾都出现结核病，但一侧破坏严重，甚至已经完全没有功能，而另一侧肾脏病变较轻，结核药物治疗后，也可以考虑切除严重病肾。如一侧肾结核，另一侧肾脏积水，应先引流肾积水，保护肾功能，之后再考虑切除无功能的病肾。
（2）保留肾组织的肾结核手术：如果结核病变只出现在肾脏局部，而药物治疗三~六个月病情依然没有好转时，可以考虑只切除结核病灶。
（3）解除输尿管狭窄的手术：输尿管的结核病变引起部分管腔狭窄、肾积水，而且肾脏的功能还比较好时，可以考虑只切除狭窄的输尿管部分。
（4）萎缩膀胱的手术：肾结核并发膀胱萎缩时，在病肾切除及抗结核治疗三至六个月，待膀胱结核完全愈合后，可进行肠膀胱扩大术。膀胱萎缩的男性病人往往还伴有前列腺、精囊结核引起后尿道狭窄，不能做肠膀胱扩大术时，为了改善和保护另一侧肾脏的功能，可以考虑将输尿管或肾脏直接在皮肤上接口，以保证尿流通畅。
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